Communautés microbiennes et sureté des aliments - Equipe 2

Développement d'outils analytiques

Afin d'optimiser la qualité sanitaire des produits agro-alimentaires et de leurs procédés de transformation associés, nous développons des outils d’analyse des flores microbiennes présentes sur les aliments en intégrant la compréhension des conditions de leur présence ainsi que la production de certaines toxines associées. Le développement d'outils d'analyse globale des flores et des mycotoxines fait partie intégrante des activités de l'équipe.

Ainsi, l’équipe développe des méthodes originales en relation avec les thématiques de recherche, en adaptant des outils analytiques :

• Détection rapide et peu couteuse des microorganismes pathogènes ainsi qu’édition et comparaison de profils de diversité microbienne grâce à la PCR quantitative couplée à la méthode HRM (High Resolution Melting analysis).
• Détection ultra-sensible des microorganismes et quantification de nombre de copies de gènes avec la méthode ddPCR (Digital Droplet PCR). Cette méthode permet entre autres de nous affranchir des difficultés de détection liées aux inhibiteurs issus des matrices alimentaires (polysaccharides, lipides, polyphénols) et d’analyser avec un seuil de détection très faible des échantillons environnementaux ou apparentés.
• Caractérisation de la diversité des communautés de microorganismes associés aux aliments via séquençage en temps réel sur appareil portatif MinION (Oxford Nanopore Technologies) à partir de cibles génomiques (metabarcoding bactérien et fongique).
• Analyse des communautés microbiennes et des relations positives ou antagonistes au sein des différentes populations par metabarcoding et réseaux de corrélation et co-occurrence.
• Identification et quantification des mycotoxines par chromatographie liquide liées à la spectrométrie de masse ou à l’immuno-affinité.
• Identification des microorganismes par MALDI-TOF